Periode Awal (1983 – 1997)
Yayasan Perguruan Islam Darul Hikmah (Yapidh) Yang terletak di Kp. Pedurenan Kelurahan Jatiluhur Kecamatan Jatiasih Kota Bekasi, secara resmi didirikan pada 1983 oleh KH Muhammad Sidik bersama beberapa tokoh lainnya seperti, Ust. Drs. H. Anwar, Ust. Drs. H. Muchtar A.Z, S., Ust. H. Abdul Junaedi, Ust. H. Sumarta, Bapak Matsaan, dan Bapak Muslih. Berbekal Surat Izin Pendirian yang mengacu padanAkta Notaris No. 201 tanggal 18 Maret 1983 dari PPAT Ny. Kamariah Suparwo, S.H., secara bertahap pada 1983, Yayasan ini membuka jenjang Madrasah Ibtidaiyah (MI) dan Madrasah Tsanawiyah Darul Hikmah pada tahun 1983, yang berafiliasi ke Departemen Agama.
Pada saat itu, kedua Lembaga Pendidikan yang dikelola mendapat sambutan masyarakat yang sangat luar biasa. Hal ini dibuktikan dengan banyaknya siswa MTs. saat itu, yakni sekitar 70 (tujuh puluh) orang lebih. Apresiasi masyarakat tersebut dimungkinkan, mengingat, saat itu, masih jarang Yayasan yang membuka jenjang setingkat MI/SD dan MTs/SMP, sekali pun ada, jaraknya sangat jauh dari tempat tinggal masyarakat Jatiluhur dan Jatiasih.
Atas masukan masyarakat sekitar, pada tahun 1986 Yayasan kembali membuka jenjang baru, Yakni Madrasah Aliyah (MA) Darul Hikmah dan Sekolah Menengah Pertama (SMP) Yapidh. Dengan demikian ada 2 (dua) kurikulum yang dijadikan rujukan. MI, MTs, dan MA menggunakan Kurikulum Departemen Agama, sedangkan SMP menggunakan Kurikulum Departemen Pendidikan dan Kebudayaan (saat itu disingkat Depdikbud). Jenjang-jengajang Pendidikan yang ada saling melengkapi dan saling berkesinambungan. Masyarakat yang cenderung pada ilmu-imu agama dapat memilih MI, MTs., dan MA Darul Hikmah. Sementara masyarakat yang menginginkan putra-putrinya ke ilmu-imu umum dapat mengarahkannya ke SMP Yapidh.
Periode Kedua (1997 – sekarang)
Pada tahun pelajaran 1997/1998, atas inisiatif Dr. Ahzami Samiun Jazuli, M.A. dan KH Yusuf Supendi yang kemudian disepakati oleh KH. Muhammad Sidik selaku Ketua Umum Yayasan, serta disaksikan oleh H. Heri Koswara, M.A., Drs. Anwar, dan Dadi Kusdiman. Yapidh melakukan penyempurnaan dengan memadukan Kurikulum Pesantren dan Kurikulum Pendidikan Nasional, maka lahirlah Sekolah Menengah Islam Terpadu (SMPIT) Yapidh. Mengingat muatan kurikulum yang begitu padat, maka jenjang ini mengharuskan semua siswa dan siswi tinggal di asrama (Boarding). Pada tahun yang sama SMP Yapidh masih berjalan. Namun, tidak lagi menerima siswa baru, artinya sejak saat itu, siswa baru yang berminat masuk ke jenjang SMP akan diarahkan ke SMPIT Yapidh Boarding dan secara bertahap SMP Yapidh berubah menjadi SMPIT Yapidh dengan manajemen baru.
Selain itu, MTs. Darul Hikmah yang setara dengan SMP diminta oleh Departemen Agama agar statusnya diubah menjadi MTs. Negeri Jatiasih. Pihak Yayasan menyutujui usulan tersebut. Akan tetapi, MTs Negeri (yang merupakan perubahan dari MTs. Darul Hikmah) hanya dizinkan selama dua tahun untuk beroperasi di Gedung milik Yapidh, akhirnya MTs. Negeri tesebut pindah ke lokasi yang lain. Dengan demikian, Yapidh secara otomatis tidak lagi mengelola jenjang MTs.
Pada tahun-tahun berikutnya, terjadi penyesuaian dan penyempurnaan dengan dibukanya jenjang-jenjang baru TKIT Yapidh, SDIT Yapidh, SMAIT Yapidh. Semua jenjang menggunakan Kurikulum Terpadu, yakni memadukan Kurikulum Pesantren dan Kurikulum Pendidikan Nasional sesuai yang berlaku. Akhirnya pada tahun 2003, Yapidh juga membuka Sekolah Tinggi Tafsir Hadits Darul Hikmah, yang pada, masa perkembangannya (2005) berubah menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Ushuludin (STIU) Darul Hikmah. Mengingat jumlah siswa TKIT, SDIT, SMPIT, dan SMAIT yang semakin banyak, maka kebutuhan ruang kelas dan gedung sekolah pun menjadi bertambah. Oleh karena itu, maka MI Darul Hikmah dan MA Daul Hikmah tidak lagi menerima siswa baru.
Seiring perjalanan waktu, Yapidh terus berbenah baik dalam penyempurnaan Kurikulum, pembinaan dan pengembangan SDM, maupun dalam melengkapi sarana/prasarana yang dibutuhkan. Dalam hal SDM, kini Yapidh memberdayakan 295 orang guru/karyawan yang umumnya lulusan S1, S2, dan S3 dari Perguruan Tinggi Negeri/Swasta yang ada di dalam maupun luar negeri.
Yapidh selain yang berlokasi di Kelurahan Jatiluhur Jatiasih dengan fokus pada jenjang Kelompok Bermain (KB)-TKIT, SDIT, SMPIT, SMAIT, serta pondok pesantren Putra dan Putri, Yapidh pun memiliki Gedung yang berlokasi di Kelurahan Jatisari Kecamatan Jatiasih yang secara khusus digunakan sebagai kampus Sekolah Tinggi Ilmu Ushuluddin (STIU) Darul Hikmah. Tidak hanya itu, kini Yapidh juga membangun Pondok Pesantren di Kampung Sudi, Desa Bojong Koneng, Kecamatan Babakan Madang, Kabupaten Bogor, sebagai Ponpes Tahfizh Quran dan SMPIT Yapidh 2 Bogor.
Sementara itu, untuk memperlancar program yang ada, Yapidh membentuk beberapa Lembaga Pendukung yang dipimpin oleh seorang Koordinator, diantaranya: Koordinator Kepegawaian, Koordinator Pendidikan, Koordinator Rumah Tangga Pesantren, Koordinator Sarana, Koordinator Dakwah dan Sosial (meliputi Lembaga Amil Zakat, Lembaga Dakwah, dan DKM), serta Koordinator Kepesantrenan.
Yapidh senantiasa menyesuaikan legalitas formal sesuai peraturan yang berlaku. Yapidh sebagai Lembaga resmi telah memiliki Nomor Induk Berusaha (NIB) dengan nomor 0220604852752 yang diterbitkan tanggal 25 Agustus 2020. Yapidh juga telah mengubah dan menyesuaikan susunan pengurus yayasan, mengingat kepengurusan yang lama (sesuai dengan Akta Pendirian) telah meninggal dunia, yakni Akta Perubahan no 47 tahun 2014 dan Akta Perubahan nomor 15 dan 16 tahun 2020. Sedangkan untuk legalitas Pondok Pesantren mengacu pada Piagam Pondok Pesantren dari Direktorat Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama, baik untuk Ponpes yang ada di Yapidh Bekasi maupun Yapidh Sentul-Bogor.