Pada Tahun 1986, YAPIDH mendirikan Jenjang SMP yang mengacu pada kurikulum Diknas. Selanjutnya, pada tahun pelajaran 1997-1998 yayasan menyempurnakan menjadi Sekolah Menengah Pertama Islam Terpadu (SMP IT) dengan memadukan Kurikulum Pendidikan Nasional dan kurikulum Syar’i (Timur Tengah).  Perubahan ini dalam bentuk  beberapa  kebijakan, diantaranya semua siswa diwajibkan tinggal di asrama (Boarding School), penambahan mata pelajaran sesuai kurikulum pesantren, dan beberapa program lain yang berkaitan dengan keterpaduan sistem dan kelembagaan.

Keterpaduan tersebut tampak pada porsi mata pelajaran yang berbeda dengan sekolah – sekolah lain, dengan adanya tambahan beberapa pelajaran agama yang diberikan secara formal, diantranya Tafsir Alquran, Hadits, Fiqh, Tauhid, Bahasa Arab, Tajwid, Siroh, Khot Imla, Nahwu-Sharaf, dan lain-lain. Selain itu, masih ada tambahan program pelajaran kepesantrenan yang diajarkan pada malam hari meliputi : Akhlak/Adab, Ta’bir, Ta’lim Muta’alim, Muhadasah, Qiro’ah, dan lain-lain. Dengan bertambahnya porsi mata pelajaran agama tersebut tidak mengurangi porsi mata pelajaran umum. Mata pelajaran umum masih diberikan 100% sesuai dengan kebijakan Diknas.

Seiring dengan bertambahnya tingkat kepercayaan masyarakat di sekitar sekolah, pada tahun 2005 SMP IT Yapidh Boarding menambah unit baru yakni SMP IT Yapidh Full Day, sehingga keinginan masyarakat yang ingin menyekolahkan anaknya di SMP IT Yapidh ini bisa terlaksana, tanpa harus tinggal asrama di pesantren.

Saat ini, YAPIDH yang dipimpin oleh Dr. Ahmad Kusyairi Suhail, M.A sebagai Ketua pengurus harian dan Drs. Heri Koswara, M.A sebagai dewan Pembina, sejak awal berdiri mewajibkan seluruh siswa menghafal AlQuran sesuai target yang ditetapkan. Sehingga SMPIT Yapidh menetapkan untuk siswa Boarding wajib menghafal alquran 1,5 juz setiap tahun atau  4,5 juz selama 3 tahun. Sedangkan untuk yang siswa Full Day di wajibkan menghapal 1 juz dalam setiap tahunnya atau sebanyak 3 juz dalam kurun waktu 3 tahun. Kewajiban ini sekaligus dijadikan sebagai syarat kenaikan kelas dan kelulusan. Target minimal ini ternyata banyak dicapai bahkan dilampaui para siswa dengan menghafal 10 – 15 Juz ketika lulus dari SMP IT YAPIDH. Sebagai Program Unggulan SMP IT YAPIDH, Tahfidz AlQuran yang merupakan turunan dari Visi YAPIDH, Yakni “Mencetak Generasi Faqih dan Qurani” tetap komitmen dengan target lulusan dalam bidang ilmu umum dalam satuan pendidikan Nasional. Hal ini, dibuktikan dengan capaian lulusan SMPIT Yapidh pada tahun pelajaran 2006 – 2007 berhasil menduduki peringkat IX dalam perolehan NEM Ujian Nasional dari 214 SMP yang ada di Kota Bekasi.

Untuk mencapai salah satu Misi yang dicanangkan SMP IT Yapidh :“Melahirkan generasi yang memiliki aqidah yang kuat pemahaman Islam yang benar dan berakhlak mulia”. Dalam proses pembelajarannya, Sekolah melakukan pemisahan ruang kelas antara siswa putra dan putri. Serta pemisahan sarana dan fasilitas belajar baik berupa asrama, sarana ibadah, sarana olahraga dan ruang Praktikum, serta melarang pertemuan/ikhlitat antara siswa putra dan putri dalam setiap aktifitas keseharinya.

Kegiatan Pembelajaran bagi siswa Fullday diawali dengan menghafal dan menyetorkan Hafalan kepada guru pembimbing dimulai dari pukul 06.30 – 07.30, Kemudian dilanjutkan dengan Aktifitas KBM seperti biasa. Terkait dengan Ibadah, sekolah mengajurkan pada seluruh siswa untuk melaksanakan shalat Dhuha dan mewajibkan melaksanakan shalat dzuhur dan Ashar secara berjama’ah. Selain itu, setiap senin seluruh siswa diwajibkan melaksanakan shaum sunnah senin, dan dianjurkan juga untuk hari kamis.

Dalam kegiatan sekolah yang lainnya, terdapat eksrakulikuler yang bisa diambil siswa sebagai kegiatan tambahan, diantaranya : Pramuka, Panahan, Futsal, Basket, Badminton, Fotografi, Jurnalistik, Tari saman, Saince Club, Bahasa arab dan lain-lain. Kegiatan tersebut dilaksanakan sesuai dengan jadwal yang sudah ditetapkan. Dan terdapat juga Program Unggulan yakni Mukhoyyam Siswa, berkemah digunung selama 3 hari 2 malam. 

Berdasarkan kegiatan dan aktifitas yang telah dijabarkan, hal tersebut sesuai dengan visi dan misi SMP IT YAPIDH, diantaranya :

Visi : “MENCETAK GENERASI FAQIH DAN QURANI”

Misi :

1. Melahirkan generasi yang memiliki aqidah yang kuat, pemahaman Islam yang benar dan berakhlak mulia
2. Membangun generasi Qurani yang tartil dalam membacanya, benar dalam mentadaburinya, baik dalam menjaga hafalan dan semangat dalam mengamalkannya.
3. Mewujudkan generasi yang Cerdas dan Kreatif, tangguh dan mandiri, peduli dan bertanggung jawab melalui proses pendidikan yang terpadu, seimbang dan berkelanjutan.
4. Meningkatkan kemampuan life skill dan managerial dan mampu beradaptasi terhadap perubahan
5. Mewujudkan kemampuan berkomunikasi dengan menggunakan bahasa asing
6. Melahirkan siswa yang mampu menerapkan ilmunya

 Sedangkan tujuan SMP IT Yapidh adalah :

• Siswa beriman dan bertaqwa kepada Tuhan Yang Maha Esa dan berakhlak mulia.
• Siswa memiliki kemampuan yang baik dalam membaca dan menghafal Al Quran.
• Siswa memiliki hafalan Al Quran minimal 4.5 juz.
• Siswa sehat jasmani dan rohani.
• Siswa memiliki dasar-dasar pengetahuan, kemampuan, dan ketrampilan untuk melanjutkan pendidikan pada jenjang yang lebih tinggi.
• Siswa mengenal dan mencintai bangsa, masyarakat, dan kebudayaannya.
• Siswa kreatif, terampil, dan bekerja untuk dapat mengembangkan diri secara terus menerus.

Adapun Target yang harus dicapai adalah :

• Hafal Al Quran sebanyak 4,5 juz juz bagi boarding, dan  3 juz untuk fullday
• Terwarnai dengan Akhlaq Islami
• Terbiasa dalam ibadah dengan baik dan benar
• Terbiasa hidup disiplin baik di sekolah maupun di rumah
• Memiliki Tsaqofah Islamiyah yang baik
• Tercapainya hasil Ujian Akhir dengan Baik