Yapidh, dengan visi Mencetak Generasi Fakih dan Qurani, menerapkan program tahfizh sebagai salah satu unggulan. Program ini mulai diperkenalkan sejak jenjang TKIT dan SDIT, kemudian dijadikan sebagai program wajib. tingkat SMPIT dan SMAIT. Mengingat sifatnya wajib, maka program tahfizh juga dijadikan syarat dalam seleksi penerimaan peserta didik baru. Oleh karena itu, sejak awal program ini sudah disampaikan kepada calon siswa dan orang tua calon siswa tentang target hafalan, keharusan mengikuti ujian tahfizh, dan hasilnya dijadikan syarat pembagian raport dan ijazah siswa SMPIT dan SMAIT, baik fullday dan boarding.
Target yang harus dicapai setiap siswa SMPIT dan SMAIT fullday adalah 3 juz selama tiga tahun, sedangkan siswa SMPIT dan SMAIT boarding 4 juz. Dengan demikian setiap tahunnya siswa fullday memiliki kiwajiban menghafal 1 juz, sedangkan siswa boarding 1,5 juz. Sebelum ujian tahfizh semua siswa dan santri diberikan kesempatan untuk murojaah hafalan yang difasilitasi pesantren dalam agenda Al yaum ma’al quran. Pelaksanaan ujian tahfizh diawali siswa kelas 12 SMA dilanjutkan kelas-kelas yang ada di bawahnya, baik SMA maupun SMPIT Yapidh.
Sekalipun kewajiban hafalan hanya 3 sampai 4 juz selama 3 tahun Pendidikan di SMP atau SMA. Namun, sampai tulisan ini dibuat (25/05/2022), Yapidh sudah berhasil meluluskan 144 siswa yang sudah menyelesaikan setoran hafalan alquran 30 juz.
Seiring berjalannya waktu, kini Yapidh pun membuka kelas khusus tahfizh di Yapidh 3 Sentul Bogor untuk jenjang SMPIT dan SMAIT yang dikelola bersama Ponpes Tahfizh Yapidh Sentul. Lembaga ini mulai dibuka tahun pelajaran 2019 – 2020 dan terus berkembang serta mendapat kepercayaan masyarakat.
Semoga Yapidh bisa melahirkan generasi Rabbani dan semoga para siswa, santri, dan alumni Yapidh tetap istiqomah dalam menjaga hafalan Alquran.